Sistem penyelenggaraan pendidikan di STEI Hamzar adalah Sistem Kredit Semester, artinya sistem penyelenggaraan pendidikan yang menggunakan Satuan Kredit Semester (SKS) untuk menyatakan beban studi mahasiswa, beban kerja dosen, beban pengalaman belajar, dan beban penyelenggaraan program. Semester adalah satuan waktu kegiatan yang terdiri atas 16 minggu.

Satuan Kredit Semester (SKS) adalah takaran penghargaan terhadap pengalaman belajar yang diperoleh selama satu semester melalui kegiatan terjadwal per minggu sebanyak 1 jam perkuliahan atau 2 jam praktikum. Karena ada perbedaan minat, bakat, dan kemampuan masing-masing mahasiswa, baik cara dan waktu untuk menyelenggarakan beban studi yang diwajibkan maupun waktu dan komposisi matakuliah, mahasiswa tidak harus sama.

Sistem pendidikan dan pengajaran di STEI Hamzar mengacu pada UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan PP No. 19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan serta memperhatikan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa.

Sistem Satuan Kredit Semester (SKS) diterapkan untuk menunjang kelancaran proses belajar mahasiswa, dengan jumlah SKS 159. Jumlah SKS didistribusikan dalam 8 (delapan) semester.